En Men In Black: Undercover, juegas como miembro de tres grupos con objetivos muy diferentes. Los Hombres de Negro son una organización secreta que supervisa la actividad alienígena en la Tierra y trabaja para mantener su existencia oculta a la población en general. Mientras tanto, los miembros del Gobierno de la Sombra están haciendo todo lo que está en su poder para capturar a los alienígenas y armarlos. Por último, están los teóricos de la conspiración que están trabajando para demostrar la existencia de extraterrestres en el mundo.